电子显微镜不用可见光来穿透组织,分成扫瞄式与穿透式两种

电子显微镜：不用可见光来穿透组织，而改用电子束来打，可用来观看细胞中的胞器，甚至（较进步的电显）可看到单一大分子。
分成扫瞄式与穿透式两种。

穿透式电子显微镜：检体的处理原则与光学显微镜类似，但需要更细緻的固定。常用的电显用固定液包括醛类（glutaraldehyde、paraformaldehyde）、四氧化锇 （osmium tetroxide）与高锰酸钾（Potassium Permanganate，KMnO4），它们的穿透力比福马林更差，因此浸泡时组织块要更小（1 mm 立方）。
包埋亦改成特殊塑胶，够硬可切成 25~100 nm 的薄片，且不会吸收电子束。染色使用重金属。